- Strata biotopov :Primárnym biotopom trpasličieho králika sú stepné a borievkové lesy, ktoré sa rýchlo menia na poľnohospodársku a obytnú zástavbu. Táto strata biotopu rozdelila populáciu trpasličích králikov, čím sa stala zraniteľnejšou voči predácii a chorobám.
- Predácia :Pygmy králiky sú korisťou rôznych predátorov vrátane kojotov, líšok, jazvecov a dravých vtákov. Keďže biotop trpasličieho králika je fragmentovaný, je pre dravcov jednoduchší prístup a zabíjanie.
- Konkurencia :Pygmy králiky súťažia s inými malými cicavcami, ako sú piky a hraboše, o potravu a úkryt. Táto súťaž môže obmedziť schopnosť trpasličieho králika prežiť a rozmnožovať sa.
- Choroba :Pygmy králiky sú náchylné na rôzne choroby vrátane tularémie, moru a kokcidiózy. Tieto choroby sa môžu rýchlo šíriť cez populáciu, čo spôsobuje rozsiahlu úmrtnosť.
- Zmena klímy :Klimatické zmeny sú tiež hrozbou pre trpasličieho králika. Predpokladá sa, že stepná step a borievka zažijú zvýšené teploty a znížené zrážky, čo sťaží prežitie trpasličieho králika.
Kvôli týmto hrozbám je trpasličí králik považovaný za jedného z najviac ohrozených cicavcov v Severnej Amerike. Prebiehajú snahy o ochranu trpasličieho králika a jeho biotopu vrátane obnovy biotopu, kontroly predátorov a manažmentu chorôb.