Poľovníctvo: Králik Lower Keys bol kedysi lovený kvôli potrave a kožušine, a aj keď je teraz oficiálne chránený, stále dochádza k nelegálnemu lovu.
Choroba: Králik Lower Keys je náchylný na rôzne choroby vrátane tularémie, čo je bakteriálne ochorenie, ktoré môže byť pre králiky smrteľné. Tularémiu šíria kliešte a biotop králika Lower Keys je domovom mnohých kliešťov.
Predácia: Králik Lower Keys je korisťou rôznych zvierat, vrátane hadov, sov a jastrabov. Introdukcia nepôvodných predátorov, ako sú mačky, tiež prispela k úbytku králika Lower Keys.
Zmena klímy: Klimatické zmeny sú tiež veľkou hrozbou pre králika Lower Keys. Stúpajúca hladina morí zaplavuje biotop králika a extrémnejšie poveternostné javy, ako sú hurikány, ničia jeho potravu a úkryt.