Rozklad :Po smrti organizmu podlieha jeho telo rýchlemu rozkladu mikroorganizmami, ako sú baktérie a huby. Tento proces rozkladá organickú hmotu a ponecháva malú šancu na zachovanie celého organizmu.
Tafonómia :Tafonómia sa týka procesov, ktoré ovplyvňujú organizmus po tom, ako zomrie a stane sa fosíliou. Tieto procesy zahŕňajú čistenie, transport vodou alebo vetrom a vystavenie prvkom, ako je slnečné svetlo a dážď. Tieto faktory môžu rozptýliť alebo poškodiť telesné pozostatky, takže je nepravdepodobné, že sa celé telo zachová spolu.
Podmienky uchovávania :Na zachovanie fosílií sú potrebné určité podmienky, vrátane rýchleho pochovania, aby sa zabránilo rozkladu, správneho typu sedimentu na ochranu pozostatkov a absencie ničivých geologických procesov, ako je erózia. Tieto podmienky sa zriedka vyskytujú spoločne, čo sťažuje zachovanie celých organizmov.
Čas a geologické procesy :Prevažná väčšina fosílií, ktoré sa tvoria, je časom zničená alebo zmenená. Dynamické procesy Zeme, ako je budovanie hôr, sopečná činnosť a erózia, môžu deformovať, lámať alebo erodovať horniny nesúce fosílie, čo ešte viac znižuje šance na nájdenie úplných fosílií.
Vzácnosť :V niektorých prípadoch mohla byť pôvodná populácia druhu malá a lokalizovaná, alebo len určití jedinci mohli žiť v prostrediach vedúcich k fosílizácii. Táto vzácnosť môže sťažiť nájdenie viacerých exemplárov, nehovoriac o celých organizmoch.
V dôsledku týchto faktorov je väčšina fosílií fragmentárna a predstavujú len časti organizmov, ako sú kosti, zuby, lastúry alebo listy. Vzácny výskyt celých živočíšnych a rastlinných fosílií ich robí mimoriadne cennými pre paleontologický výskum a pochopenie dávnych ekosystémov.