- *Strata biotopu a zmena podnebia: * Odstránenie lesov a iných prírodných biotopov pre poľnohospodárstvo, ťažbu dreva a rozvoj mestského rozvoja je významným faktorom poklesu populácií netopierov podkovy. Keď sú ich prirodzené biotopy zničené, netopiere podkovy strácajú prístup k jedlom a roostingovým miestam, čo ovplyvňuje ich prežitie. Zmena podnebia navyše ovplyvňuje distribúciu a množstvo hmyzu, primárnu korisť pre netopiere podkovy. Zmeny v vzorcoch teploty a zrážok môžu narušiť ich lovecké vzorce a zmeniť dostupnosť ich preferovaného hmyzu pre korisť, čo vedie k poklesu populácie.
- *poľovníctvo a prenasledovanie: * Netopiere podkovy sa niekedy lovia na potravinové alebo liečivé účely, napriek tomu, že sú chránené v mnohých regiónoch. V niektorých oblastiach sú tiež zabíjaní ako škodcovia kvôli zvyku hniezdenia v budovách.
- *choroba: * Netopiere podkovy, rovnako ako iné druhy voľne žijúcich živočíchov, sú náchylné na rôzne choroby a parazity. Niektoré vznikajúce infekčné choroby, ako sú koronavírusy, boli spojené s netopiermi podkovy, ktoré vyvolávajú obavy z potenciálneho prenosu chorôb na ľudí a hospodárske zvieratá. Je však dôležité poznamenať, že nie všetky druhy netopierov podkovy sú spojené s prenosom chorôb a pri kontrole a opeľovaní hmyzu hrajú zásadnú ekologickú úlohu.
- *Nedostatok úsilia o ochranu: * V niektorých prípadoch populácie netopierov Horseshoe klesá z dôvodu nedostatku primeraného úsilia o ochranu. Zahŕňa to obmedzené pochopenie ich konkrétnych ekologických požiadaviek a absencie účinných opatrení na ochranu na riešenie hrozieb, ktorým čelia.
Je dôležité si uvedomiť, že populácie netopierov podkovy sú tiež ovplyvňované inými faktormi, ako sú výkyvy prírodnej populácie, genetická diverzita a interakcie s inými druhmi v ekosystéme. Riešenie týchto mnohostranných hrozieb si vyžaduje kombináciu vedeckého výskumu, ochrany biotopov, povedomia verejnosti a snahy o spoluprácu medzi ochrancami, vládami a komunitami, aby sa zabezpečilo dlhodobé prežitie netopierov s podkovou.