1. Strata rodičovských znakov: Hybridizácia často vedie k strate špecifických znakov z rodičovských rastlín. Keďže potomky sú hybridy, nemusia vykazovať všetky žiaduce charakteristiky jedného z rodičov. Môže to byť významná nevýhoda, ak sú špecifické vlastnosti rozhodujúce pre výkon hybridu, ako je rezistencia na choroby alebo vysoký výťažok.
2. Nepredvídateľné výsledky: Výsledok hybridizácie môže byť neistý, pretože je náročné predpovedať presnú kombináciu vlastností, ktoré zdedí potomstvo. Táto variabilita predstavuje ťažkosti pre chovateľov, ktorí sa zameriavajú na vývoj rastlín so špecifickými charakteristikami.
3. Potenciálna inbreedingová depresia: Nepretržitá hybridizácia u úzko príbuzných jedincov môže viesť k depresii inbreedingu, čo je zníženie vigory, plodnosti a ďalšie žiaduce vlastnosti. Depresia inbreeding dochádza v dôsledku zvýšenej expresie škodlivých recesívnych génov a zníženej genetickej diverzity.
4. Znížená genetická diverzita: Hybridizácia môže zúžiť genetickú diverzitu v populácii, čím sa stane zraniteľnejšou voči zmenám v životnom prostredí a ohniskám chorôb. Genetická diverzita je nevyhnutná pre dlhodobú adaptabilitu a odolnosť populácií rastlín.
5. Zvýšená citlivosť na ochorenie: Hybridizácia môže zaviesť nové genetické zraniteľné miesta, vďaka ktorým bude potomok náchylnejší na choroby a škodcov. Spojenie rôznych genetických pozadí môže narušiť mechanizmy prirodzenej rezistencie, čím sa zvýši riziko infekcií.
6. Závislosť pre životné prostredie: Hybridy často vykazujú konkrétne environmentálne preferencie a nemusia fungovať dobre za rôznych podmienok. Táto úzka adaptácia môže obmedziť kultiváciu hybridov na určité geografické oblasti alebo rastúce prostredie.
7. Ťažkosti s udržiavaním uniformity: Hybridy môžu vykazovať variabilitu medzi sebou, čo vedie k výzvam pri udržiavaní uniformity v populácii. Táto variácia môže komplikovať výrobu semien a kontrolu kvality.
8. Obmedzená výroba semien: Niektoré hybridné rastliny môžu mať v porovnaní s ich rodičovskými rastlinami zníženú produkciu semien. To môže zvýšiť náklady na výrobu osiva a obmedziť dostupnosť semien pre poľnohospodárov.
9. Obavy z vlastníctva semien a duševného vlastníctva: Hybridizácia môže viesť k otázkam týkajúcim sa vlastníctva semien a práv duševného vlastníctva. Chovatelia sa môžu snažiť chrániť svoje hybridné odrody, ktoré môžu obmedziť prístup poľnohospodárov k semenám a viesť k zvýšeniu nákladov na osivo.
10. Nadmerná časť hybridov: Nadmerné spoliehanie sa na hybridné odrody môže narušiť tradičné poľnohospodárske postupy, miestne odrody semien a vedomosti, ktoré sú s nimi spojené. To môže mať vplyv na poľnohospodársku biodiverzitu a kultúrne dedičstvo poľnohospodárskych spoločenstiev.