Trpasličí morský koník má vo svojej koži vrstvu špecializovaných buniek nazývaných chromatofóry. Chromatofory obsahujú pigmentové granuly, ktoré môžu byť rozptýlené alebo koncentrované, aby zmenili farbu pokožky. Morský koník má tiež sieť drobných svalov, ktoré dokážu ovládať pohyb chromatofórov. Vďaka tomu môže morský koník rýchlo zmeniť farbu tak, aby zodpovedala okolitým koralom.
Okrem zmeny farby môže trpasličí morský koník zmeniť aj štruktúru svojej pokožky. To sa dosahuje druhým typom špecializovaných buniek nazývaných dermálne papily. Dermálne papily sú malé, mäsité výbežky, ktoré možno zdvihnúť alebo znížiť, aby sa zmenila štruktúra pokožky. Trpasličí morský koník používa túto úpravu, aby zodpovedal textúre koralov okolo neho, čo predátorom ešte viac sťažuje spozorovanie.
Schopnosť trpasličieho morského koníka maskovať sa je nevyhnutná pre jeho prežitie. Umožňuje im splynúť s okolím a vyhnúť sa zožratiu predátormi. Je to tiež užitočné, keď lovia korisť, pretože môžu použiť svoju kamufláž na prepadnutie koristi.