Hlavným rozdielom medzi morskými a sladkovodnými ekosystémami je množstvo soli vo vode. Morské ekosystémy sa nachádzajú v oceánoch a moriach, ktoré majú vysoký obsah soli, zatiaľ čo sladkovodné ekosystémy sa nachádzajú v jazerách, riekach a potokoch, ktoré majú nízky obsah soli.