Znečistenie: Znečistenie, vrátane únikov ropy, vypúšťania odpadových vôd, dažďovej vody a poľnohospodárskych odpadových vôd, môže udusiť koralové útesy, blokovať slnečné svetlo a brániť rastu koralov. Chemikálie môžu otráviť morský život a môžu mať negatívny vplyv na rast koralov a reprodukčný úspech rýb. Odtok z hnojív a pesticídov používaných v poľnohospodárstve môže viesť k rastu rias, ktoré udusia koralové útesy a narušia rovnováhu ekosystému potravinového reťazca.
Zmena klímy: Rastúce teploty oceánov v dôsledku globálneho otepľovania môžu koraly vybieliť a zabiť a extrémne poveternostné javy, ako sú hurikány a tajfúny, môžu zničiť koralové útesy. Pre koralové útesy je hrozbou aj acidifikácia, čo je zníženie hladiny pH v oceáne v dôsledku absorpcie oxidu uhličitého. Okyslenie oceánov sťažuje koralom budovanie a udržiavanie ich kostry, čo môže viesť k zrúteniu koralových útesov.
Nadmerný rybolov môže narušiť potravinový reťazec a znížiť počet predátorov, ktorí ovládajú populáciu bylinožravcov. To môže viesť k zvýšeniu počtu bylinožravcov, ktoré môžu poškodiť útes pasením sa na koraloch. Nadmerný rybolov môže tiež viesť k priamemu uloveniu žab ako zdroja potravy.
Vedľajší úlovok: Žabky sa môžu neúmyselne chytiť do rybárskych sietí a trawlerov, čo môže viesť k ich smrti.
Cestovný ruch: Nekontrolovaný cestovný ruch môže viesť k pošliapaniu koralových útesov a zničeniu biotopu žabích rýb. Potápači a šnorchlisti môžu pustiť kotvy aj na koralové útesy, čo ich môže poškodiť.