- Strata biotopu: Morské koní žijú v plytkých vodách v blízkosti koralových útesov, ktoré sú čoraz viac ohrozené ľudskými činnosťami, ako sú znečistenie, nadmerné ryby a rozvoj pobrežia. Zničenie ich biotopu môže znížiť dostupnosť potravín a prístrešia, čo sťažuje prežitie morských koní.
- predácia: Morské kone zavádzajú rôzne zvieratá vrátane rýb, vtákov a morských cicavcov. Ich pomalý pohyb a zlý zrak z nich robia ľahké ciele pre predátorov.
- Konkurencia o jedlo: Morské kone sa živia malými kôrovca a inými planktónmi. Musia súťažiť s inými zvieratami o jedlo a ich malá veľkosť a slabé schopnosti kúpania im môžu sťažiť chytiť svoju korisť.
- choroba: Morské kone sú náchylné na rôzne choroby vrátane baktérií, vírusov a parazitov. Tieto choroby môžu spôsobiť vážne zdravotné problémy a dokonca aj smrť.
- Zmena podnebia: Zmena podnebia spôsobuje, že oceány sú teplejšie a kyslejšie, čo môže mať negatívne účinky na morské kone. Teplejšie teploty vody môžu zdôrazniť morské koní a zvyšovať ich náchylnejšie na choroby. Kyslejšia voda môže rozpustiť uhličitan vápenatý, ktorý morské kone používajú na vybudovanie svojich kostrov, čo ich robí slabšími a zraniteľnejšími predátormi.