#### 1. Vedecký program lovu veľrýb v severnom Pacifiku a Antarktíde (JARPA)
Vedecký výskumný program lovu veľrýb, známy aj ako JARPA, sa uskutočňuje na základe špeciálnych povolení vydaných japonskou vládou. JARPA bol navrhnutý tak, aby zhromažďoval vedecké údaje o mnohých druhoch veľrýb, vrátane veľrýb malých, veľrýb sei a veľrýb. Podľa medzinárodného morského práva je však smrteľný vedecký výskum na zvieratách povolený len vtedy, ak na získanie potrebných informácií nepostačujú iné nesmrtiace prostriedky.
Po tom, čo Medzinárodný súdny dvor (ICJ) v marci 2014 rozhodol, že japonský program JARPA II v Antarktíde nie je určený na účely vedeckého výskumu, Japonsko tento program zastavilo. Japonsko však začalo s novým programom JARPA II Special Permit v decembri 2015. Japonská vláda predložila zoznam 12 vedeckých otázok ako vedecký základ programu. ICJ však rozhodol, že program nebol podstatne upravený oproti programu JARPA II, a v decembri 2021 rozhodol, že pokračujúci program „vedeckého lovu veľrýb“ porušuje aj medzinárodné právo.
#### 2. Pobrežný lov veľrýb pre miestnu spotrebu
Japonsko má tiež pobrežný program lovu veľrýb, ktorý sa zameriava na veľryby malé pozdĺž jeho pobrežia. Vláda stanovuje kvótu na počet veľrýb, ktoré možno uloviť z každej skupiny alebo struku veľrýb. Mäso z ulovených veľrýb sa potom predáva lokálne.
Ochranárske skupiny však vyjadrili obavy o udržateľnosť pobrežného lovu veľrýb. Tvrdia, že kvóty sú príliš vysoké a že je ťažké presne monitorovať populáciu veľrýb v pobrežných vodách.