Hlavným dôvodom, prečo inkubátor potrebuje vodu, je udržiavanie vlhkosti. Vlhkosť je dôležitá z mnohých dôvodov vrátane:
* Aby sa zabránilo vyschnutiu vajíčok. Vajcia sa skladajú z približne 70% vody a stratia vlhkosť, ak je vlhkosť príliš nízka. To môže spôsobiť dehydratovanie embrya a zomrieť.
* Uľahčenie výmeny plynu. Kyslík a oxid uhličitý musia byť schopní voľne sa pohybovať cez škrupinu, aby embryo dýchalo. Vysoká vlhkosť pomáha vytvárať vlhké prostredie, ktoré umožňuje ľahkú výmenu plynu.
* Pomôcť regulovať teplotu. Voda má vysokú špecifickú tepelnú kapacitu, čo znamená, že na zmenu svojej teploty vyžaduje veľa energie. To pomáha udržiavať teplotu inkubátora stabilnú, aj keď kolíše teplota miestnosti.
Väčšina inkubátorov má vodnú nádrž, ktorá sa nachádza na spodnej časti jednotky. Keď sa voda odparuje, vytvára vo vnútri inkubátora vlhké prostredie. Úroveň vlhkosti je možné kontrolovať nastavením množstva vody v nádrži. Niektoré inkubátory majú tiež ventilátor, ktorý pomáha cirkulovať vzduch a rovnomerne distribuovať vlhkosť.