Podľa Medzinárodnej únie pre ochranu prírody (IUCN) sa niektoré druhy morských koní považujú za zraniteľné voči ohrozeniu, pričom v mnohých regiónoch sa pozoruje pokles obyvateľstva. Napríklad Červený zoznam IUCN klasifikuje nasledujúci druh ako zraniteľný:
1. Hippocampus prichádza (lemovaný morský kôň):Nachádza sa v západnom Tichomorí, tento druh je ohrozený ničením biotopov a nadmerným rybolovom.
2. Hippocampus Tricaculatus (trojpostový morský kôň):pôvodom z indo-tichomorského regiónu je tento morský kôň náchylný na stratu a zber biotopov pre tradičnú medicínu.
3. Hippocampus Hippocampus (Sinny Sea Horse):Distribuovaný v Stredozemnom mori a východnom Atlantiku, tento druh čelí hrozbám pobrežného vývoja a rybárskeho tlaku.
4. Hippocampus erectus (Giraffe Sea Horse):Obývajúce tropické vody Indo-tichomoria je žirafský morský kôň náchylný na degradáciu biotopov a nadmerné ryby.
Tieto odhady zdôrazňujú potrebu úsilia o ochranu a postupy trvalo udržateľného riadenia na ochranu populácií morských koní a zabezpečenie ich prežitia tvárou v tvár rôznym hrozbám, ktorým čelia.