Počas procesu párenia samica morských koní ukladá svoje vajcia do vrecka na mláďatá na spodnej strane mužského brucha. Samec potom hnoji vajcia a nesie ich, až kým nie sú pripravení na vyliahnutie, čo im poskytuje živiny a ochranu. Obdobie tehotenstva sa líši medzi druhmi morských koní, ale môže sa pohybovať od niekoľkých týždňov do niekoľkých mesiacov.
Akonáhle sa vajcia vyliahne, samec rodia živé mladé, ktoré sa nazývajú „Fry“. Fry sú plne formované a nezávislé od narodenia a nedostávajú od svojich rodičov žiadnu ďalšiu starostlivosť. Mužské aj ženské morské koníny sa môžu počas svojej životnosti viackrát spájať a reprodukovať.