1. Strata biotopov: Primárnou príčinou poklesu populácií fretky čiernonohej bolo zničenie ich biotopu prérijných pasienkov. Premena týchto pozemkov na poľnohospodárstvo, urbanizáciu a rozvoj zdrojov viedla k výraznému zníženiu dostupného biotopu pre prérijné psy a následne fretky čiernonohé.
2. Otrava: Vládou podporované programy na kontrolu predátorov zamerané na vyhubenie prérijných psov často zahŕňali používanie jedov, ako je strychnín a kyanid. Tieto jedy sa aplikovali do nory prérijných psov a často postihovali necieľové druhy, ako je fretka čiernonohá, čo viedlo k ich zníženiu.
3. Choroba: Sylvatický mor, choroba spôsobená baktériou *Yersinia pestis*, je medzi fretkami čiernonohými vysoko infekčná a spôsobila prudký pokles populácie. Hoci pochádza z niektorých oblastí Severnej Ameriky, túto chorobu šírili európski osadníci a ich dobytok. Náchylnosť fretiek čiernonohých na mor je jedným z hlavných faktorov obmedzujúcich ich zotavenie.
4. Lov a odchyt: Fretky čiernonohé boli v minulosti lovené a chytené do pascí, predovšetkým pre ich kožušinu. Neprispelo to k ich ohrozeniu významným spôsobom, ale prispelo to ku kumulatívnemu vplyvu iných faktorov.
5. Konkurencia a dravosť: Zmeny v ekosystéme prérií, ako je úbytok prérijných psov a prenikanie kojotov, ovplyvnili fretky čiernonohé. Kojoti a domáci psi sa živia fretkami čiernonohými, zatiaľ čo redukcia kolónií prérijných psov ovplyvňuje dostupnosť vhodných nôr, potravy a krytov pre fretky.
Bolo vynaložené úsilie na zachovanie a obnovu fretky čiernonohej prostredníctvom programov chovu v zajatí, reintrodukcií a iniciatív na ochranu biotopov. Avšak v dôsledku pretrvávajúcich problémov, ktoré predstavuje strata biotopov, choroby a predácia, tento druh zostáva kriticky ohrozený a zraniteľný voči ďalšiemu poklesu populácie.