Aj keď sa v súčasnosti nepovažuje za ohrozenú, ich populácia klesá v dôsledku niekoľkých hrozieb vrátane:
* Strata a fragmentácia biotopu: Odlesňovanie a premena pôdy na poľnohospodárstvo a rozvoj zmenšujú ich biotop.
* lov a pytliactvo: Jaguars sa lovia pre svoju kožušinu, časti tela používané v tradičnej medicíne a niekedy zo strachu alebo pomsty.
* konflikt ľudského divadla: Ako ľudské populácie rastú, medzi jaguármi a ľuďmi sa vyskytuje viac stretnutí, čo vedie ku konfliktom a niekedy aj zabíjaniu jaguárov.
Je dôležité poznamenať, že populácie Jaguar sú veľmi variabilné v celom rozsahu , s niektorými oblasťami, ktoré majú oveľa nižšie počty ako iné. Niektoré populácie sú kriticky ohrozené, takže úsilie o ochranu je rozhodujúce.