* Sladká voda: Jazerá, potoky, rybníky a dokonca aj kaluže sú bežné domy pre zooflageláty.
* Saltwater: Obývajú tiež morské prostredie, ako sú oceány a moria.
* Pôda: Zooflageláty sa nachádzajú aj vo vlhkej pôde.
* Ostatné organizmy: Niektoré zooflageláty žijú ako parazity vo vnútri tela iných organizmov, ako sú zvieratá a rastliny.
Je veľmi pravdepodobné, že nájdete zooflageláty žijúce v jazerách a potokoch!