Jaguári uprednostňujú hustú vegetáciu s prístupom k vodným zdrojom, pretože sú to kvalifikovaní plavci a často lovia a pijú v blízkosti vodných útvarov. Vytvárajú domáce oblasti, ktoré sa líšia v závislosti od dostupnosti koristi, ale rozsahy mužov môžu pokryť niekoľko stoviek štvorcových kilometrov.
V rámci svojich biotopov hrajú Jaguars rozhodujúcu ekologickú úlohu ako špičkoví predátori, čo pomáhajú udržiavať rovnováhu ekosystémov reguláciou populácií koristi. Sú to osamelé zvieratá a často zaberajú biotopy s rôznymi druhmi koristi, ako sú jelene, peccaries, Capybary, tapír a mnoho ďalších.
Úsilie o ochranu Jaguarov zahŕňa zachovanie a ochranu svojich biotopov, aby sa zabezpečilo dlhodobé prežitie týchto veľkolepých a ekologicky dôležitých predátorov mačiek.