Strata a fragmentácia biotopov :Jaguáre vyžadujú na prežitie rozsiahle územia a rozmanité biotopy. Bohužiaľ, ich prirodzené biotopy sa rýchlo strácajú a fragmentujú v dôsledku odlesňovania, rozširovania poľnohospodárstva, rozvoja infraštruktúry a rastu miest. To nielen zmenšuje dostupný priestor pre túlanie sa jaguárov, ale tiež narúša ich rozmnožovanie, kŕmenie a migráciu.
Konflikt medzi človekom a divou prírodou :Keď sa ľudské sídla rozširujú do biotopov jaguárov, dochádza ku konfliktom, keď jaguári lovia dobytok. To môže viesť k odvetným opatreniam zo strany farmárov a farmárov, čo má za následok zabíjanie jaguárov. Okrem toho môžu byť jaguáre zabité, ak predstavujú vnímanú hrozbu pre ľudskú bezpečnosť alebo sú vnímané ako obťažujúce.
Zmena klímy :Účinky zmeny klímy, ako sú zmenené zrážky, stúpajúce teploty a zvýšená frekvencia extrémnych poveternostných udalostí, ovplyvňujú biotopy jaguárov a populácie koristi. Tieto zmeny narúšajú ekosystém a pre jaguárov je náročnejšie prežiť a úspešne sa rozmnožovať.
Obmedzená genetická diverzita :Jaguáre majú relatívne nízku genetickú diverzitu v porovnaní s inými druhmi veľkých mačiek. To ich robí zraniteľnejšími voči vplyvom straty biotopu, lovu a iných faktorov, ktoré môžu narušiť ich populácie. Nízka genetická diverzita môže znížiť schopnosť druhu prispôsobiť sa zmenám prostredia a zvýšiť riziko príbuzenského kríženia.