* Pokožka: Koža je domovom rôznych mikroorganizmov vrátane baktérií, húb a vírusov. Tieto mikróby pomáhajú chrániť pokožku pred infekciou a poškodením a tiež zohrávajú úlohu pri regulácii teploty a vlhkosti pokožky.
* Dýchacie cesty: Dýchacie cesty sú vystlané hlienom, ktorý zachytáva mikroorganizmy a zabraňuje im dostať sa do pľúc. Niektoré mikroorganizmy sa však stále môžu dostať cez hlien a spôsobiť infekcie, ako je zápal pľúc a bronchitída.
* Zažívací trakt: Tráviaci trakt je domovom veľkého množstva mikroorganizmov vrátane baktérií, húb a prvokov. Tieto mikróby pomáhajú tráviť potravu, absorbovať živiny a produkovať vitamíny. Tiež zohrávajú úlohu pri ochrane tráviaceho traktu pred infekciou.
* Urogenitálny trakt: Urogenitálny trakt je domovom rôznych mikroorganizmov vrátane baktérií, húb a vírusov. Tieto mikróby môžu spôsobiť infekcie, ako sú infekcie močových ciest a sexuálne prenosné choroby.
* Krv: Krv je normálne sterilná, ale môže sa infikovať mikroorganizmami, ak dôjde k porušeniu kože alebo ak sa vykoná lekársky zákrok.
U hovädzieho dobytka:
* Rumen: Bachor je veľký vakovitý orgán v žalúdku kravy. Je domovom veľkej populácie mikroorganizmov vrátane baktérií, húb a prvokov. Tieto mikróby pomáhajú rozkladať rastlinný materiál a premieňať ho na živiny, ktoré môže krava absorbovať.
* Retikulum: Retikulum je malý orgán podobný plástu, ktorý sa nachádza vedľa bachora. Obsahuje tiež veľkú populáciu mikroorganizmov, ktoré pomáhajú rozkladať rastlinný materiál.
* Omasum: Omasum je tretie oddelenie žalúdka, ktoré je zodpovedné za vstrebávanie vody a živín z tráveniny. Obsahuje tiež populáciu mikroorganizmov, ale nie toľko ako bachor a retikulum.
* Abomasum: Slez je skutočným žalúdkom kravy. Vylučuje tráviace enzýmy, ktoré štiepia bielkoviny a tuky. Neobsahuje veľa mikroorganizmov.
* Črevá: Črevá sú zodpovedné za vstrebávanie živín z tráveniny. Obsahujú tiež populáciu mikroorganizmov, ktoré pomáhajú rozkladať živiny a produkovať vitamíny.
* Výkaly: Výkaly sú odpadové produkty trávenia. Obsahujú veľké množstvo mikroorganizmov vrátane baktérií, húb a prvokov.