* Vysoké náklady: Usporiadanie a údržba šľachtenie v zajatí môžu byť drahé. Zahŕňa to náklady na vybavenie, vybavenie, personál a jedlo.
* Nedostatok genetickej diverzity: Programy šľachtenia v zajatí môžu viesť k nedostatku genetickej diverzity, ktorá môže zvýšiť zraniteľnú populáciu voči chorobám a iným hrozbám.
* Zvýšené riziko choroby: Zvieratá v zajatí sú často náchylnejšie na ochorenie ako divé zvieratá, pretože nie sú vystavené rovnakým prírodným výzvam.
* neprirodzené správanie: Zvieratá v zajatí môžu vykazovať neprirodzené správanie, pretože nie sú schopné žiť v ich prírodnom prostredí. To môže viesť k stresu a iným zdravotným problémom.
* etické obavy: Niektorí ľudia sa domnievajú, že programy chovu zajatých sú neetické, pretože zahŕňajú berúc zvieratá z ich prirodzeného biotopu a udržiavať ich v zajatí.
Celkovo môžu byť šľachtiteľské programy v zajatí užitočným nástrojom na ochranu ohrozených druhov, ale majú tiež množstvo nevýhod. Pred rozhodnutím o tom, či začať program šľachtenia v zajatí, je dôležité starostlivo zvážiť klady a nevýhody.