Strata a degradácia biotopov :Netopier seychelský sa pri hniezdení a hľadaní potravy spolieha na pôvodné lesné biotopy. Odlesňovanie pre poľnohospodárstvo, ťažbu dreva a rozvoj viedlo k fragmentácii a redukcii týchto lesov, čím sa výrazne znížil dostupný biotop pre tento druh.
Lov a odchyt :Netopier seychelský sa príležitostne loví na potravu alebo sa používa v tradičnej medicíne. Okrem toho sa môžu uväzniť v sieťach pre iné zvieratá.
Introdukované dravce :Introdukcia nepôvodných predátorov, ako sú potkany, mačky a mangusty, tiež prispela k úbytku seychelského netopiera. Títo predátori sa živia netopiermi, ich mláďatami a miestami na nocovanie.
Nízka veľkosť populácie a genetická zraniteľnosť :Netopier seychelský má malú populáciu a je vysoko lokalizovaný, vďaka čomu je náchylnejší na vplyvy straty biotopu, lovu a predácie. Malá veľkosť populácie tiež obmedzuje genetickú diverzitu, zvyšuje riziko príbuzenského kríženia a znižuje schopnosť druhu prispôsobiť sa meniacim sa podmienkam prostredia.
Zmena klímy :Meniace sa klimatické vzorce, ako sú zvýšené teploty a zmenené zrážky, môžu ovplyvniť dostupnosť potravy a miest na nocovanie, čím sa ďalej zhoršia problémy, ktorým čelia netopier seychelský.
Pokračujú snahy o ochranu netopiera seychelského a jeho biotopu vrátane zriadenia chránených oblastí, obnovy biotopov a opatrení na kontrolu predátorov. Tento druh však zostáva kriticky ohrozený a vyžaduje si nepretržité monitorovanie a ochranné zásahy, aby sa zabezpečilo jeho dlhodobé prežitie.