1. Strata biotopu: Primárnou hrozbou pre Zebras Cape Mountain je strata ich prirodzeného prostredia. Tieto zebry sú obmedzené na relatívne malú oblasť v provincii západného mysu Južnej Afriky. Poľnohospodárska expanzia, urbanizácia a ľudské zásahy fragmentovali a znížili veľkosť svojho prirodzeného biotopu, čo sťažuje zebrá nájsť jedlo, vodu a prístrešie.
2. Lov a pytliactvo: V minulosti boli Zebry Cape Mountain lovené za svoje mäso a kože, čo významne prispelo k poklesu ich populácie. Aj keď je poľovníctvo v súčasnosti prísne zakázané, stále sa vyskytujú prípady pytliactva. Pytliaci sa zameriavajú na zebry za svoje mäso a kožu, ktoré sa na niektorých trhoch nezákonne obchodujú.
3. Konkurencia s hospodárskymi zvieratami: V niektorých oblastiach, kde Zebry Cape Mountain zdieľajú svoje biotopy s domácimi hospodárskymi zvieratami, môže vzniknúť konkurencia o zdroje, ako sú potraviny a voda. Hospodárske zvieratá môžu prekonávať zebry na pasenie, znižujú dostupnosť potravín pre zebry a ovplyvňujú ich zdravie a prežitie.
4. Strata genetickej diverzity: V dôsledku ich malých a fragmentovaných populácií čelia Cape Mountain Zebras vysokému riziku straty genetickej diverzity. Táto strata genetických variácií môže ovplyvniť celkovú odolnosť a prispôsobivosť druhov na zmeny životného prostredia a choroby. Zvyšuje tiež pravdepodobnosť inbreedingu, čo môže viesť k zdravotným problémom a ďalšiemu zníženiu počtu obyvateľov.
5. Zmena podnebia: Predpokladá sa, že zmena podnebia bude mať výrazný vplyv na biotop Zebra Cape Mountain. Zmeny v zložení teploty, zrážok a vegetácie by mohli zmeniť svoje zdroje potravín a znížiť ich biotopy na prežitie. Keď sa klimatická menia zmeny, môžu sa zebry musieť rýchlo prispôsobiť novým podmienkam alebo čeliť ďalšiemu poklesu.
Úsilie o ochranu, ako napríklad vytváranie chránených oblastí, implementácia plánov riadenia biotopov, kontrolovanie pytliactva a podpora zapojenia komunity do ochrany, sú nevyhnutné na zabezpečenie dlhodobého prežitia Zebry Cape Mountain a ich jedinečného biotopu v západnom mysu. Snaha o spoluprácu medzi organizáciami ochrany prírody, vládnymi agentúrami a miestnymi komunitami je rozhodujúca pre zabezpečenie ochrany a trvalo udržateľného riadenia tohto ikonického druhu zebra.