Európanmi sa prvýkrát stretli s kongoremi v 16. storočí. V roku 1562 navštívil španielsky prieskumník Juan Pardo ich dedinu, ktorú opísal, že sa nachádza na vysokom blaf s výhľadom na rieku. Kongorei boli priateľskí voči Španielim a dali im jedlo a zásoby.
Začiatkom 17. storočia boli kongorei napadnutí Iroquoisom, ktorí sa snažili rozšíriť svoje územie. Kongorei boli nútení opustiť svoju dedinu a presunúť sa ďalej na juh. V roku 1670 sa usadili na rieke Santee, kde žili ďalších 50 rokov.
V roku 1715 boli kongorei opäť napadnutí Iroquoisom, ktorí boli spojenci s Britmi. Kongorei boli porazení a ich dedina bola zničená. Pozostalí utiekli do Waxhaws, ktorí boli podskupinou Catawba žijúce v Severnej Karolíne.
Kongorei sa nakoniec asimilovali na kmeň Catawba a ich jazyk a kultúra sa stratili. Ich meno sa však stále pamätá v názvoch niekoľkých miest v Južnej Karolíne vrátane národného parku Congaree a rieky Congaree.