Ohrozené druhy, ktoré sa teraz nachádzajú iba v zoologických záhradách, často pochádzajú z malých, izolovaných populácií, ktoré boli zredukované na kriticky nízke počty v dôsledku rôznych faktorov, ako je strata biotopov, lov a nadmerné využívanie. Keď sa tieto druhy dostanú do zoologických záhrad na účely ochrany a chovu, môžu niesť iba zlomok genetickej diverzity, ktorá existovala vo voľnej prírode.
Keď sa tieto druhy rozmnožujú v zajatí, obmedzená genetická variácia sa ďalej koncentruje, čo vedie k strate alel a zníženiu genetickej diverzity. V priebehu času to môže mať škodlivé účinky na schopnosť druhov prispôsobiť sa meniacim sa podmienkam prostredia a zvýšenú náchylnosť na choroby, čím sa stanú zraniteľnejšími voči vyhynutiu.
Na zmiernenie účinkov efektu zakladateľa a zachovanie genetickej diverzity programy ochrany v zoologických záhradách často implementujú stratégie, ako je selektívny chov, riadenie populácie a genetická záchrana. Cieľom týchto opatrení je zaviesť nový genetický materiál do populácií v zajatí, zachovať genetickú diverzitu a znížiť riziko inbrídingovej depresie a iných genetických problémov, ktoré môžu vzniknúť v dôsledku nízkej genetickej variácie.