Primárnou hrozbou pre líšky fenekové je strata ich biotopu. Fennec líšky žijú v severnej Afrike a na Strednom východe, kde je ich biotop rýchlo ničený ľudskou činnosťou, ako je poľnohospodárstvo, urbanizácia a baníctvo. Keďže ich biotop je zničený, líšky fenekové sú nútené sťahovať sa do menších a menších oblastí, čo ich robí zraniteľnejšími voči predátorom a chorobám.
Lov a odchyt
Fennekové líšky sú tiež lovené a chytené pre ich kožušinu. Ich kožušina sa používa na výrobu odevov a iných výrobkov. V niektorých oblastiach sa líšky feniklové lovia aj pre šport.
Zmena klímy
Klimatické zmeny sú tiež veľkou hrozbou pre líšky fenekové. Klimatické zmeny spôsobujú rozširovanie saharskej púšte, čím sa znižuje množstvo biotopu dostupného pre líšky fenekové. Klimatické zmeny spôsobujú aj častejšie a vážnejšie suchá, čo môže líškam fenekovým sťažiť hľadanie potravy a vody.