Lov a pytliactvo: Filipínsky jeleň sa loví pre svoje mäso, pokožku a parohy. Lov jeleňov je populárnou zábavou na Filipínach a presadzovanie poľovníckych predpisov je slabé. Hlavným problémom je tiež pytliactvo, pretože jeleň sa často zabíja na predaj na miestnych trhoch.
choroba: Filipínsky jeleň je tiež náchylný na rôzne choroby, zavedené aj endemické. Jednou z najzávažnejších hrozieb je choroba na nohy a ústa, ktorá môže u jeleňov spôsobiť vážne ochorenie a dokonca smrť.
Konkurencia s inými druhmi: Filipínsky jeleň čelí aj konkurencii o potraviny a zdroje od iných druhov vrátane zavedených druhov jeleňov, ako sú jeleň Rusa a jeleň Sika. Tieto zavedené druhy môžu prekonať filipínsky jeleň pre jedlo a biotop a môžu tiež prenášať choroby.
Filipínsky jeleň je ohrozený druh a jeho populácia rýchlo klesá. Pokiaľ sa neprijmú účinné opatrenia na ochranu, je pravdepodobné, že sa zanikne vo voľnej prírode.