* Strata biotopu: Zničenie biotopu malého modrého tučniaka je hlavnou hrozbou pre tento druh. To môže byť spôsobené rôznymi faktormi vrátane pobrežného rozvoja, znečistenia a zmeny klímy.
* choroba: Malé modré tučniaky sú náchylné na množstvo chorôb vrátane vtáčej cholery, aspergilózy a kokcidiózy.
* ľudské rušenie: Malé modré tučniaky môžu byť narušené ľudskými aktivitami, ako sú plavba, rybárčenie a plávanie. To môže viesť k stresu, zraneniu a dokonca k smrti.