Tu je dôvod:
* Morfologické podobnosti: Choanoflageláty zdieľajú pozoruhodné podobnosti s golierovými bunkami (choanocyty) nachádzajúcimi sa v špongiách, najjednoduchších zvieratách. Obaja majú jediný bičík obklopený golierom mikrovilli, ktoré sa používajú na filtrovanie potravín z vody.
* Genetický dôkaz: Molekulárna analýza, najmä génov ribozomálnych RNA, silne podporuje úzky evolučný vzťah medzi choanoflagelátmi a zvieratami. Zdieľajú jedinečný súbor génov, ktoré sa nenašli v iných protistoch.
* Potenciálny predok: Všeobecne sa verí, že predchodca podobný choanoflagelátu vznikol zvieratám.
Zatiaľ čo iní protisti, ako napríklad amoebozoans, boli v minulosti úzko spojené so zvieratami, dôkazy prevažne poukazujú na choanoflagelátov ako najbližších žijúcich príbuzných.