Existujú dva hlavné typy biologických mikroskopov:zložené mikroskopy a pitevné mikroskopy. Zložené mikroskopy používajú dve šošovky, šošovku objektívu a šošovku okuláru, na zväčšenie obrazu objektu. Šošovka objektívu je umiestnená v spodnej časti mikroskopu a zameriava svetlo na preparát. Šošovka okuláru je umiestnená v hornej časti mikroskopu a zväčšuje obraz vytvorený šošovkou objektívu. Preparačné mikroskopy majú len jednu šošovku, šošovku objektívu, a používajú sa na pozorovanie väčších preparátov, ktoré nevyžadujú také veľké zväčšenie.
Biologické mikroskopy môžu byť vybavené rôznym príslušenstvom, ako sú zdroje svetla, filtre a stolíky. Svetelné zdroje poskytujú osvetlenie vzorky. Filtre sa dajú použiť na zmenu farby alebo intenzity svetla. Na držanie vzorky na mieste sa používajú stupne.
Biologické mikroskopy sú základnými nástrojmi na štúdium mikroskopického sveta. Umožňujú výskumníkom podrobne pozorovať a analyzovať bunky, tkanivá a mikroorganizmy.