- Názov lode môže byť odvodený z zastaraného starého anglického slova „Beagle“, čo znamená malú loď alebo loď lode. Toto slovo sa použilo už v 14. storočí na označenie malej, ľahko ozbrojenej lode, ktorá sa používala na prieskum a prepravu dodávok.
- Ďalším možným vysvetlením je, že názov bol inšpirovaný kanálom Beagle, úzkou vodnou cestou umiestnenou medzi Čile a Argentínou. Kanál bol pomenovaný britskými prieskumníkmi koncom 18. storočia a je možné, že názov HMS Beagle bol vybraný v súvislosti s týmto geografickým prvkom.
- Niektorí historici tiež naznačujú, že názov HMS Beagle mohol byť ovplyvnený prístavom Beagle v Austrálii. Prístav sa nachádza na severnom území a bol pomenovaný britskými prieskumníkmi v roku 1838, krátko pred tým, ako sa HMS Beagle vydal na svoju slávnu plavbu.