1. Spaľovanie pri vysokej teplote :Táto metóda zahŕňa spaľovanie infikovaných materiálov, vrátane tiel postihnutých zvierat a akéhokoľvek kontaminovaného zariadenia, pri extrémne vysokých teplotách. Vysoké teplo ničí pôvodcu BSE a bráni jeho prenosu.
2. Chemická dezinfekcia :Niektoré chemikálie, ako napríklad hydroxid sodný (lúh) a peroxid vodíka, sú účinné pri ničení pôvodcu BSE. Tieto chemikálie sa aplikujú na infikované materiály, čo spôsobí denaturáciu proteínov a inaktiváciu infekčných priónov.
3. Sterilizácia parou :Para pod vysokým tlakom a teplotou môže tiež zničiť pôvodcu BSE. Táto metóda sa často používa na sterilizáciu lekárskych nástrojov a zariadení a možno ju použiť aj na materiály kontaminované BSE.