1. Jaskyne a podzemné priestory:
Jaskyne a podzemné priestory poskytujú ideálne miesta na hniezdenie netopierov. Ponúkajú temnotu, konštantné teploty a ochranu pred dravcami a tvrdými poveternostnými podmienkami. Mnoho druhov netopierov tvorí veľké kolónie vo vnútri jaskýň, ktoré visia hore nohami od stropu alebo steny. Jaskyne s vhodnými mikroklimatmi, ako je stabilná teplota a vlhkosť, sú obzvlášť atraktívne pre netopiere.
2. Lesy:
Netopiere bežne obývajú lesy, či už tropické alebo mierne. Využívajú stromy na prelievanie, hľadanie a navigáciu. Niektoré druhy stromov, ako sú vylučované staré stromy alebo stromy so voľnou kôrom, poskytujú vhodný priestor pre netopiere, ktoré sa môžu počas dňa pohybovať. Lesy ponúkajú rozmanitú populáciu hmyzu, ktorá slúži ako bohatý zdroj potravy pre hmyzé netopiere.
3. Mestské oblasti:
Prekvapivo sa mnoho druhov netopierov prispôsobilo životu v mestskom prostredí. Mestské oblasti poskytujú miesta pre hniezdenie v budovách, mostoch a dokonca aj v odkvapoch domov. Niektoré druhy sa naučili využívať umelé zdroje svetla na potravu, kde sa hmyz zhromažďuje, ktorý priťahuje svetlo. Mestské oblasti však môžu predstavovať výzvy pre netopiere, pretože môžu čeliť nebezpečenstvám, ako je ničenie biotopov, znečistenie svetla a zrážky s budovami.