Od doby Whittakera však pokroky v molekulárnej biológii a genetike viedli k hlbšiemu pochopeniu evolučných vzťahov medzi organizmami. V dôsledku toho niektorí biológovia tvrdia, že systém päťkinálov je príliš zjednodušený a presne neodráža rozmanitosť a zložitosť života na Zemi.
Jednou z hlavných kritík systému päťkinálov je to, že je založená predovšetkým na morfologických a ekologických charakteristikách ako na evolučných vzťahoch. To môže viesť k umelým zoskupeniam organizmov, ktoré nie sú úzko spojené. Napríklad Protista Kingdom je kategória všetkých úlovkov, ktorá obsahuje širokú škálu organizmov, ktoré nezdieľajú spoločného predka.
Ďalšou kritikou systému s piatimi kráľmi je, že je príliš rigidná. Nepovoľuje ľahké ubytovanie nových objavov a neodráža dynamickú povahu evolučných vzťahov.
Ako alternatíva k systému piatich-kráľom, niektorí biológovia navrhujú použitie flexibilnejšieho klasifikačného systému založeného na evolučných vzťahoch. Tento prístup, známy ako fylogenetická systematika, používa molekulárne údaje na konštrukciu fylogenetických stromov, ktoré ukazujú evolučné vzťahy medzi organizmami. Fylogenetické stromy sa môžu použiť na identifikáciu monofyletických skupín, ktoré sú skupiny, ktoré zahŕňajú spoločného predka a všetkých jeho potomkov.
Použitie fylogenetickej systematiky viedlo k uznaniu nových skupín organizmov a revidovanému porozumeniu evolučných vzťahov medzi živými organizmami. Napríklad objav archaea, skupiny jednobunkových organizmov, ktoré sa líšia od baktérií a eukaryotov, viedlo k návrhu systému klasifikácie šiestich kráľov.
Stručne povedané, niektorí biológovia tvrdia, že koncept piatich kráľovstiev je zastaraný a že zložitejšie klasifikačné systémy sú potrebné na lepšie pochopenie rozmanitosti a vývoja života.