Existuje však niekoľko vecí, ktoré im môžu ohroziť:
* Väčšie dravé vtáky: Aj keď nebudú aktívne loviť fregaty vtákov, veľké vtáky, ako sú orly alebo jastrab, by mohli potenciálne korisťovať kurčatá alebo oslabených jedincov.
* ľudia: Ľudská aktivita vrátane straty biotopu, znečistenia a rybolovu môže predstavovať hrozbu pre populácie Fregatebird.
* paraziti: Fregatebirdy môžu byť ovplyvnené rôznymi parazitmi, ako sú roztoče, vši a črevné červy.
* búrky a počasie: Extrémne poveternostné udalosti môžu viesť k zraneniu alebo smrti.
Celkovo sú Fregatebirds veľmi dobre prispôsobené svoje prostredie a majú málo prírodných predátorov. Ich hlavné hrozby pochádzajú z ľudskej činnosti a príležitostného oportunistického predátora.