Penica zlatá hniezdi v mladých lesoch a obnovujúcich sa holinách. Tieto biotopy výrazne ubudli v dôsledku ťažby dreva, rozvoja a potláčania požiarov. Výsledkom je, že penica zlatá stratila veľkú časť svojho chovu.
Hniezdny parazitizmus kráv s hnedými hlavami
Kravské vtáky s hnedou hlavou sú parazity, čo znamená, že kladú vajíčka do hniezd iných vtákov. Na parazitovanie kováčikmi hnedohlavými sú najmä penice zlatokrídle náchylné a parazitované hniezda sú často neúspešné.
Súťaž s penicami modrými
Penice modrokrídle sú úzko späté so zlatokrídlami a často súťažia o rovnaké zdroje. Penice modrokrídle sú agresívnejšie ako penice zlatokrídle a často ich predbiehajú v potrave a hniezdeniach.
Zmena klímy
Klimatické zmeny sú hrozbou aj pre penicu zlatú. Ako sa klíma otepľuje, oblasť hniezdenia penice sa posúva na sever. To spôsobuje, že penica prichádza do kontaktu s novými predátormi a konkurentmi, a tiež to sťažuje penici hľadanie vhodných hniezdnych lokalít.