Koža orla bielohlavého je tmavo hnedá a mastná, s vrstvou peria, ktorá ho pomáha izolovať od chladu. Vonkajšia vrstva pokožky, nazývaná epidermis, sa skladá z vrstvy odumretých buniek, ktoré sa neustále vylučujú a nahrádzajú. Dermis alebo stredná vrstva pokožky obsahuje krvné cievy, nervy a vlasové folikuly. Najvnútornejšia vrstva pokožky, subkutánne tkanivo, sa skladá z tukových buniek, ktoré pomáhajú udržiavať orla v teple.