V orlo Bald sú primárne vylučovacie orgány obličky. Obličky zohrávajú dôležitú úlohu pri filtrovaní odpadových látok, ako je močovina a kreatinín, z krvného obehu. Tieto odpadové produkty sa potom prepravujú do kloaca, ktorá je bežnou komorou pre tráviace, močové a reprodukčné systémy. Z kloaca sú odpadové produkty eliminované z tela vo forme moču.
Okrem obličiek zohráva pečeň aj významnú úlohu pri detoxikácii a eliminácii metabolických odpadov v orlo Bald Eagles. Pečeň premieňa toxické látky na menej škodlivé formy, ktoré sa potom môžu efektívnejšie vylučovať. Pečeň tiež hrá úlohu pri výrobe žlče, ktorá pomáha pri trávení tukov a eliminovaní odpadových produktov cez výkaly.